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距今大約6000~4500年前，由於地殼的上升，海水潮漸退出，台北湖因海水退出而形成多處沼澤濕地，雖然現在已演化成乾生環境，現今芝山岩周圍之濕地植物亦已絕跡，不過我們可由前人採集到的濕地植物，譬如風箱樹、穗花棋盤腳、水柳等，知道芝山岩四周的確經歷沼澤濕地的時期。